Después de que los humanos de la colonia de San Francisco pidiesen ayuda a una base militar en el norte durante el ataque de Koba en Dawn of the Planet of the Apes, el clan de simios dirigido por César, es atacado en el bosque por la facción militar Alfa-Omega, compuesta por militares de las fuerzas especiales, a la que se han aliado algunos simios que en su día apoyaron a Koba, el simio que intentó dar un "golpe de estado" contra César. Los simios tienden una emboscada a la unidad militar, tomando algunos prisioneros, incluido el gorila "Rojo". Los militares capturados revelan que su jefe es un coronel y que lo llevaban buscando durante mucho tiempo. César decide liberar a los prisioneros con un mensaje para el coronel: "Yo no empecé esta guerra", y como una oferta de paz para los humanos. Aunque César decide hacer planes para trasladar al clan a través del desierto, para no sufrir más bajas, esa noche son atacados por un comando militar liderado por el Coronel, que mata a la esposa de César, Cornelia, y a su hijo mayor, Ojos Azules. Durante la lucha, un gorila albino llamado Winter traiciona a César, y escapa para luchar con Alpha-Omega.